鱼粪大部分是未消化的蛋白质多肽和核酸等未完全分解的营养成分，氨基无法游离，硝化菌无能为力。这就需要蚯蚓和氨化菌来分解，蚯蚓只是一个辅助作用，它对鱼粪的分解也是靠体内丰富的菌群。氨化菌主要有枯草杆菌、假单胞菌属、牙孢菌等，他们通过合成蛋白酶先将废弃物分解成氨基酸，然后部分氨基酸被细菌吸收利用合成细菌繁殖所需要的物质，一部分分解产生能量，最终释放出水二氧化碳和尿素，尿素就可以被硝化细菌继续氧化成硝酸盐。

硝化细菌的作用对象是溶于水的氨离子，所以鱼菜共生的富含氨离子的水是比较清的，最好是过滤了的，这样才不会将硝化设备堵塞，影响硝化能力，这样才能尽可能的减小硝化设备的体积。氨化过程不一样，作用的对象是固体和胶质类的，氨化系统设计不好很快就会堵塞发愁产生硫化氢类的有毒物质，影响氨话菌的生存和繁殖。

对于一般的观赏性鱼缸来说，氨化作用不需要单独的设备，因为鱼粪很少。商业化鱼菜共生系统则不然，动辄几十公斤的养殖密度，如果没有好的氨化系统，硫化氢类的毒物很快就会毒死鱼。许多朋友测试水的PH, 亚硝酸、氨氮和溶氧的含量都正常，但鱼依旧经常死，这里的问题就出现在氨化过程。