《通知》指出，全国水污染防治形势面临新的变化，部分地区氮磷污染上升为水污染防治的主要问题，成为影响流域水质改善的突出瓶颈。氮磷污染来源较多，固定污染源仍是重要来源，在一些地方还是主要来源。各地要以重点行业企业、污水集中处理设施、规模化畜禽养殖场氮磷达标排放整治为突破口，强化固定污染源氮磷污染防治；重点流域要以实施排污许可制为契机和抓手，严格控制并逐步削减重点行业氮磷排放总量，推动流域水质改善。到2019年底前，基本完成氮磷排放重点行业企业超标整治工作。

　　《通知》明确，将肥料制造、污水集中处理、规模化畜禽养殖等18个行业作为氮磷污染防治的重点行业，要求全面推进氮磷达标排放。地方各级环境保护主管部门应依托排污许可证核发管理逐行业掌握氮磷排放重点行业企业信息，督促重点行业企业建立氮磷排放管理台账，摸清行业排放底数。各地环境保护主管部门应督促指导相关工矿企业、污水集中处理设施优化升级生产治理设施并强化运行管理，提高脱氮除磷能力和效率。重点开展磷化工和磷矿采选企业生产工艺及污水处理设施建设改造，推进磷石膏无害化处理和资源化利用。氮磷排放重点行业的重点排污单位应于2018年6月底前安装含总氮和（或）总磷指标的自动在线监控设备并与环境保护主管部门联网。

　　《通知》明确，实施重点流域重点行业氮磷排放总量控制。生态环境部将研究确定实施氮磷排放总量控制的流域控制单元及对应行政区域，根据排污许可证氮磷许可排放量信息确定相关流域控制单元的行业总量控制指标，实施行业总量控制。对于氮磷超标的流域控制单元内新、改、扩建项目，实施氮磷排放总量指标减量替代并严格落实到许可证上，严控氮磷新增排放。

　　《通知》强调，市、县两级人民政府在制定实施工业污染源全面达标排放工作方案中应强化氮磷排放达标管理，建立整改企业台账，对重大问题实行挂牌督办，跟踪整改销号。生态环境部优先将工作成效显著地区的氮磷减排工程纳入水污染防治中央项目储备库，对工作任务不落实、工作目标未完成的地区采取挂牌督办、约谈、限批等措施，将氮磷污染防治工作问题突出的纳入中央环保督察。